| Sie sind nur wenig größer als die nah mit ihr verwandten Zwerg- und Mückenfledermäuse. Die Rauhautfledermäuse wiegen etwa 6-15 g und haben eine Spannweite von ca. 23-25 cm. Sie gelten eigentlich als "Waldfledermäuse", da sie gerne Sommerquartiere in Baumhöhlen oder Fledermauskästen beziehen. Aber auch die Besiedelung von Quartieren an Gebäuden ist bei dieser Fledermausart nicht selten. An Häusern oder Scheunen verkriechen sich die Tiere dann in engste Spalten hinter Fassadenverkleidungen oder im Dachbereich. Wochenstubenkolonien können dann aus weit über 100 Weibchen bestehen. Die Jagdgebiete der Rauhautfledermäuse liegen in Wäldern und in Landstrichen mit einer vielfältigen Gehölzstruktur. Wichtig scheint die Nähe der Quartierstandorte zu Gewässern zu sein. Die Tiere suchen besonders gern die Uferbereiche verschiedenster Gewässer zum Jagen auf.
Rauhautfledermäuse gehören zu den Fernwanderern unter den heimischen Fledermausarten. Zumindest einzelne Tiere können dabei zwischen ihrem Sommerlebensraum und ihrem Winterschlafplatz Flugstrecken von mehr als 1500 km zurücklegen. Die weiteste bekannte Entfernung legte ein Tier mit 1905 km zwischen Lettland und Südfrankreich zurück.
Als Winterquartiere werden Felsspalten, Mauerspalten oder Baumhöhlen aufgesucht. Dort halten sich die Tiere entweder einzeln oder in kleinen Gruppen auf.
In Schleswig-Holstein werden im Winter immer wieder einzelne Rauhautfledermäuse in Brennholz- oder Sägeholzstapeln gefunden.
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